Sydafrikansk professor: Afrikansk datadeling førte til hurtig sporing af ny coronamutation
Forskere i Sydafrika og Botswana handlede hurtigt, da de fandt indikationer på en ny coronamutation. Det fortæller sydafrikansk professor, der roser de afrikanske forskerhold for hurtigt at dele iøjnefaldende genomfrekvenser med internationale kolleger.
Den 23. november uploadede forskere i Botswana 99 Sars-CoV-2-genomsekvenser til en international database, GISEAD, som forskere verden over kan bruge til at dele genomsekvenser og tilhørende metadata. Som de fleste af de sekvenser, der blev uploadet den dag, var næsten alle sekvenserne eksempler på den dominerende deltavariant. Men tre sekvenser skilte sig ud fra de prøver, forskerne hidtil havde undersøgt. Senere samme dag delte et forskerhold fra Sydafrika syv genomer, der var næsten identiske med de tre fra Botswana. Denne nye variant, bemærkede forskerne, var kendetegnet ved et iøjnefaldende antal mutationer i den del af virussets genom, der koder for det såkaldte spikeprotein. Det var bekymrende, dels fordi de mutationer kan medføre øget smitsomhed, og dels fordi de kan øge risikoen for reinfektioner og mindske virkningen af for eksempel antistofbehandling.
”Mutationen blev tilfældigvis identificeret i Sydafrika og Botswana i begyndelsen af november på grund af det s-genudfald, der opstod ved PCR-testning,” fortæller Ian Sanne, der er professor i intern medicin og infektionssygdomme ved Witwatersrand Universitet i Johannesburg og ansat som særlig rådgiver for sundhedsmyndighederne i Sydafrika under coronapandemien.
S-genudfaldet, der også er kendt som et såkaldt ”s-gene-dropout”, betyder, at én af tre s-protein-gener ikke opdages på en almindelig PCR-test. De afrikanske forskere kunne dermed bruge metoden til at identificere mistænkte cases smittet med den nye virusmutation, omikron, forklarer Ian Sanne.
”Botswana og Sydafrika gik sammen om at foretage helgenomsekventering. Parallelt med det arbejde bemærkede flere store laboratorier også, at s-genet ikke blev detekteret ved PCR-testning, og de begyndte desuden at rapportere om faldende CT-niveauer og stigende virusbelastningsværdier hos alle dem, der testede positive med det usædvanlige fund af S-gen-udfaldet,” siger han og understreger:
”Sammenfaldet af de faktorer blev kommunikeret videre til Sydafrikas rådgivende ministerudvalg og den internationale verden og førte til, at det i torsdags blev annonceret, at vi har at gøre med en ny mutation.”